ポケモンBW（ブラックホワイト）のストーリーをネタバレ解説。人とポケモンの在り方
目次
メインストーリー
旅の始まり
「さいしょからはじめる」を押すとゲームがスタートします。アララギ博士が登場し、ポケモンの世界のことや、幼なじみのチェレンとベルについて紹介します。
そしてプレイヤー、チェレン、ベルの3人にポケモンをプレゼントすると言って、これから始まる旅の大切さを伝えます。
多くの人とポケモンに出会い、自分自身を成長させることが、この冒険の最も大きな目的であると話し、物語が始まります。
カノコタウンにある主人公の家にアララギ博士がやってきて、プレゼントを渡すと出ていきます。
続いて主人公の部屋にチェレンとベルがやってきて、机の上には博士から贈られたプレゼントボックスがあります。
主人公が箱を開けると、中にはポカブ、ツタージャ、ミジュマルの入ったモンスターボールがあります。
主人公がこの中から1匹選ぶと、残りの2匹をベルとチェレンがそれぞれ手にします。
すると「ポケモン勝負しようよ！」とベルが言い、主人公の部屋でバトルが始まります。
バトルが終わると、主人公はお母さんからライブキャスターをもらいます。そして3人はアララギ博士に挨拶をしに向かいます。
博士の研究所に入るとアララギ博士が待っており、トレーナーになった3人に改めて自己紹介をします。
自己紹介が終わると、イッシュ地方にいるすべてのポケモンに出会って、図鑑を完成させてほしいことを3人に伝え、ポケモン図鑑を渡します。
その後、博士はポケモンの捕まえ方を1番道路に出てくる野生のポケモンを通して教え、主人公たちの旅が始まります。
主人公たちはカラクサタウンを目指し、競いながら進んでいきます。カラクサタウンに到着すると、博士からポケモンセンターの利用方法について教えてもらいます。
説明が終わると、博士は主人公たちの冒険を祈り、カノコタウンにある自分の研究所へ戻っていきます。
各地で暗躍するプラズマ団 バッジ1つ目
ポケモンセンターを出ると、近くの広場で何やら演説が行われています。ゲーチスと名乗る男が、ポケモンを解放すべきと町の人々に語りかけています。
人間はポケモンと共に暮らしてきた。しかし人間によって好き勝手命令されたり、こき使われてきたポケモンもいるのではないか。ポケモンと正しく付き合うためには、ポケモンを解放すべきではないか、とゲーチスは主張します。
演説が終わると、プラズマ団員に護衛されながらゲーチスは去っていきます。町の人々も広場から離れると、1人の青年が主人公たちに話しかけます。
主人公のポケモンが今話していたよねと言うと、自分のことをN（エヌ）と名乗ります。
ポケモンのシアワセについて考えており、主人公のポケモンの声をもっと聞きたいと言って、勝負を挑んできます。
勝負が終わると、「モンスターボールに閉じ込められている限り、ポケモンは完全な存在にはなれない。ボクはポケモンというトモダチのために、世界を変えねばならない。」と言って去っていきます。
チェレンは去っていくNに「おかしなヤツ」と言い、主人公たちは次の町サンヨウシティへ向かいます。
道中、草むらで野生ポケモンと遭遇したり、数々のトレーナーと勝負して、主人公はサンヨウシティ入口に到着します。
すると後からやってきたベルに話しかけられ、勝負を挑まれます。主人公が勝利すると、「主人公に負けないようにポケモンを育てるね。」と言ってベルは去っていきます。
主人公はサンヨウシティのジムに挑もうとしますが、ジムリーダーが今トレーナーズスクールにいて不在とのこと。主人公はトレーナーズスクールへ向かいます。
しかしジムリーダーはジムに戻ったとのことで、代わりにチェレンが勝負を挑んできます。主人公はチェレンに勝利し、再びジムに戻って挑戦します。
ジムリーダーのデント、ポッド、コーンの3人からタイプ相性の重要さを学びながら、主人公はバトルに勝利します。そしてデントからトライバッジをもらいます。
主人公がジムを出ると、マコモと名乗る女性研究員から頼みごとをされます。夢の跡地にいるムンナが出す「ゆめのけむり」を手に入れてほしいと言って、主人公にひでんマシン：いあいぎりを渡します。
主人公はサンヨウシティのはずれにある夢の跡地へ向かいます。後からやってきたベルと同行し、跡地内を2人で探索します。
するとムンナが見つかります。主人公たちを見たムンナは逃げようとしますが、突如現れたプラズマ団に捕まってしまいます。
プラズマ団の目的もムンナの出すゆめのけむり。ゆめのけむりを使って人々にポケモンを手放したくなる夢を見せて、心を操ろうと企んでいます。
ゆめのけむりを出させるために、プラズマ団の1人がムンナを蹴りつけます。ポケモンたちを自由にするためだと言うと、続けて主人公に勝負を仕掛けてきます。
主人公の強さに敗れるプラズマ団ですが、ゆめのけむりは入手せねばならないと言って、再びムンナを蹴りつけます。
「やめたげてよお！」とベルが叫ぶと、突然ゲーチスが現れます。ゲーチスは団員たちに怒っている様子で、慌てた団員たちは許してもらおうとその場を去っていきます。
するとムシャーナが現れます。先ほどのゲーチスは、ムンナを救うために見せた幻覚だったようです。
ムシャーナとムンナが去っていくと、ムンナはゆめのけむりを落としていきます。後からやってきたマコモがゆめのけむりを拾うと、すぐさま自分の家に戻ります。
主人公もマコモの家へ向かい、ベルはさきほどのムンナを探すと言って、夢の跡地に残ります。
マコモの家に着いた主人公はマコモから、ゆめのけむりを手に入れたお礼としてC-GEARをもらいます。
C-GEARの通信機能についての説明を受けた主人公は、マコモの家を後にして、シッポウシティを目指します。
プラズマ団・七賢人の登場 2つ目
シッポウシティを目指す途中、チェレンに呼び止められます。トライバッジを手にした者同士で勝負しようと言うと、勝負を挑んできます。
主人公が勝利すると、いきなりプラズマ団が2人の前を走って通り過ぎます。続いてベルと女の子がやってきて、プラズマ団がどこへ行ったのか主人公たちに聞きます。
女の子の持っていたポケモンがプラズマ団に奪われたと聞いたチェレンと主人公は、ポケモンを取り返すためにプラズマ団を追いかけます。
地下水脈の穴へと逃げたプラズマ団に追いついた主人公たちは、女の子のポケモンを返すように言います。
しかしプラズマ団は「ポケモンを解放するためだ。」と言って断り、主人公たちのポケモンも奪おうと勝負を挑んできます。
プラズマ団を返り討ちにした主人公とチェレンは、女の子のポケモンを取り返し、ベルたちの元へ戻ります。
ベルと女の子からお礼を言われると、主人公は再びシッポウシティを目指します。
シッポウシティに着いた主人公は、ジムも運営している博物館へ向かいます。すると博物館の入口でNと遭遇します。
ポケモンたちの理想、トレーナーという在り方の真実、ポケモンが完全になった未来を見てみたいと言うNは、自分の力量を確かめるために、主人公に勝負を挑んできます。
主人公に敗れたNは、力が必要だと独り言をつぶやきます。
Nの求める力とは、英雄とともにイッシュ地方を建国した伝説のポケモン、レシラム（ブラックだとゼクロム）。英雄になって彼とトモダチになる、とNが言うと、博物館から去っていきます。
博物館の中へ入った主人公は、館内を副館長に案内されます。そして博物館の奥にあるジムに入り、ジムリーダー・アロマに挑戦します。
勝利した主人公はアロマからベーシックバッジをもらいます。
するとプラズマ団が博物館に現れ、ポケモンを自由にするためだと言って、展示していた化石のドラゴンのホネを持って逃げます。
追いかけるアロマと主人公ですが、プラズマ団を見失います。そこにヒウンジムのリーダー・アーティとベル、チェレンがやってきます。
各自手分けして探すことになり、主人公はアーティと共にヤグルマの森へ向かいます。
森の中を探索し、見つけたプラズマ団を主人公が倒していくと、七賢人の一人アスラと遭遇します。
プラズマ団の活動を邪魔する主人公に勝負を挑もうとしますが、主人公の後を追いかけてきたアーティとアロエを見て分が悪いと判断し、ドラゴンのホネを置いて撤退します。
無事ドラゴンのホネを取り返せたアロエは博物館へ戻り、アーティは主人公に「ジムの挑戦を待っているよ。」と言って、ヒウンシティへ帰っていきます。
イッシュの伝説を語るゲーチス 3つ目
アーティのいるジムを目指すため、主人公はスカイアローブリッジを渡って、ヒウンシティに辿り着きます。
ジムへ向かった主人公ですがアーティから、プラズマ団が再び現れたから手伝うよう言われます。
アーティからヒウンシティの波止場に来るよう言われ、主人公が港まで行くとベルとアイリスがいます。
ベルのムンナがプラズマ団に奪われてしまい、人の多いヒウンシティでプラズマ団を探すのは難しいと、アーティたちは途方にくれます。
するとプラズマ団の1人が主人公たちの前に現れると、すぐに逃げ出します。アーティは追いかけ、主人公たちも続いて追いかけます。
追いかけた先のビルの前でプラズマ団が、主人公たちを待ち受けます。主人公たちがプラズマ団を倒してビルの中に入ると、ゲーチスと七賢人たちがいます。
「ポケモンを人間から自由にするため、イッシュの伝説を再現して人心を掌握してみせる。」とゲーチスがプラズマ団の目的を言うと、奪ったムンナをベルに返します。
そしてゲーチス率いるプラズマ団は、主人公たちの前から姿を消します。
ポケモンを取り返せてホッとしたベルは、アイリスとヒウンシティを見て回ることになり、アーティはジムへと戻ります。
主人公はアーティのいるジムに挑戦し、ジムにいるトレーナーたちを倒して、最後はアーティに勝利します。そしてビートルバッジを手に入れます。
バッジを手に入れた主人公がジムを出ると、ライブキャスターが鳴ります。ベルが「アイリスに鍛えてもらって強くなったから勝負しよう。」と言って、4番道路前のゲートで待ち合せの約束をします。
主人公がゲートに着くとベルもやってきます。2人は勝負し、主人公が勝利します。
ベルは、主人公やチェレン、アイリスのように強くはなれないけど、自分のやりたいことややれることが何か考えている、と言います。
そして、旅に出て良かったと言うと、ベルは去っていきます。
主人公が4番道路を抜けてライモンシティ前のゲートに着くと、チェレンとアララギ博士がいます。
博士は餞別として主人公とチェレンにハイパーボールを渡し、旅を楽しみなさいと励まします。
まだライモンシティ前のゲートに到達していないベルにも餞別を渡すため、博士は4番道路へと歩いていきます。
アララギ博士が主人公たちにポケモンと図鑑をあげた本当の理由は、子どもを旅立たせたいという主人公たちのママの思いを博士が聞き入れたから、とチェレンは言います。
自分のお母さんからこの事を教えてもらったチェレンは、感謝の気持ちとして4番道路でまだ捕まえていないポケモンを捕まえに、再び4番道路に戻っていきます。
Nと観覧車に乗る 4つ目
主人公がゲートを抜けてライモンシティに到着すると、プラズマ団にポケモンをよこすよう言われる育て屋のおじいさんに遭遇します。
おじいさんが主人公を見つけると助けを求め、プラズマ団は主人公に勝負を仕掛けてきます。
主人公がプラズマ団に勝利すると団員は遊園地のほうへ逃げ去り、おじいさんはお礼としてじてんしゃを主人公に渡します。
じてんしゃを受け取った主人公はライモンシティにある施設を見て回り、ミュージアムを出た先で、ベルとベルのパパを見つけます。
2人は何やらもめている様子です。ベルが心配で旅を止めさせたいパパと、主人公やポケモンと旅を続けたいベルとで、お互いの意見を言い合っています。
そこにライモンシティのジムリーダー・カミツレが現れ、二人の間を取り持ちます。
ベルに旅を続けるべきと言うカミツレは、大変な時でもポケモンがいつもそばにいるから大丈夫、とベルのパパを説得します。
ベルもパパにお願いし、2人の説得によってパパは考えを改めます。
今はベルがしたいことをしたほうがいいんだとパパが言うと、ベルの旅を応援し、主人公にベルのことをよろしく頼んで、その場を去っていきます。
助けてくれたカミツレに憧れを抱いたベルは、自分のやりたいことを見つけないとね、と主人公に言ってその場を去ります。
カミツレからジムの挑戦を待っていると言われた主人公は、ジムもあるライモンシティの遊園地に入ります。するとNに遭遇します。
主人公がプラズマ団を探していることを知っているNは、主人公を観覧車のところまで案内しますが、プラズマ団はいません。
それなら観覧車に乗って探そうということで、主人公とNは観覧車に乗ります。観覧車に乗ると、Nは自分がプラズマ団の王様であることを明かします。
「ゲーチスに請われて、一緒にポケモンを救っているんだ。」とNが言うと、乗車時間が終わり、2人は外に出ます。
するとプラズマ団員が現れ、Nの無事を伺います。大丈夫だと言うNは団員を逃がすために、勝てないと分かりつつも主人公に勝負を挑みます。
勝負が終わり主人公に敗れたNは、「変えるべき未来のためにチャンピオンを超える存在となって、すべてのトレーナーにポケモンを解放させる」と主人公に宣言します。
そして「ポケモンと一緒にいたいと望むなら、ジムバッジを集めてポケモンリーグでボクを止めてみせるんだ。」と主人公に言うと、Nは去っていきます。
主人公は遊園地内にあるジムを訪ね、ジェットコースターのギミックを乗りこなしてカミツレのところまで到達します。
そしてカミツレに勝利し、ボルトバッジを手に入れます。
次はホドモエシティを目指す主人公のために、カミツレは5番道路で待つよう主人公に言います。
5番道路に着くとチェレンに呼び止められ、ボルトバッジを持つ者同士で勝負しようと、勝負を挑まれます。
主人公が勝利すると、なぜ勝てないのかチェレンは悩みます。するとカミツレが現れ、2人を橋のところまで案内します。
案内の途中、フェスティバルを楽しんでいるチャンピオン・アデクと遭遇します。
アデクは主人公たちに挨拶をし、チャンピオンになったらどうしたいか2人に尋ねます。
強くなること以外にないと答えるチェレンにアデクは、人それぞれ考え方が違っていて、チャンピオンとしてあるべき姿も人それぞれだと説きます。
アデクの話が終わるとカミツレは引き続き、2人を橋のところまで案内します。
ホドモエの跳ね橋に到着すると、カミツレはホドモエシティのジムリーダー・ヤーコンに連絡をして、橋を降ろすよう言います。
橋が降りるのを見届けたカミツレはテレビの仕事があると言って、その場を去ります。
チェレンは、強くなって勝利することで自分の正しさを証明すると言い、主人公より先に橋を渡っていきます。
ダークトリニティが現れる 5つ目
主人公も橋を渡り、渡った先でヤーコンと出会います。橋を降ろしたことでプラズマ団に逃げられてしまったと話すヤーコンは、主人公とチェレンにもプラズマ団を探すよう言います。
もしプラズマ団を見つけたらジムの挑戦を受けてやってもいい、とヤーコンが言うと、自分の町へ戻っていきます。
プラズマ団を探すため、主人公たちはホドモエシティを探索します。町の南にある冷凍コンテナの中を調べてみると、寒さで震えているプラズマ団と七賢人を発見します。
見つかったプラズマ団の団員たちは主人公たちに抵抗するも敗れ、ヤーコンと作業員たちによって捕らえられます。
ヤーコンは約束通りジムの挑戦を受けると主人公に言うと、ジムへと戻っていきます。
バッジを手に入れるためにジムへと向かった主人公ですが、ジムの前にはヤーコンと大勢のプラズマ団員、そしてゲーチスがいます。
先ほど捕らえた七賢人と団員たちを渡すよう、ゲーチスがヤーコンに言います。
多勢に無勢と悟ったヤーコンは、捕らえた七賢人と団員たちをゲーチスに引き渡し、ゲーチス率いるプラズマ団はジムから去ります。
ジムに来ていた主人公とチェレンを見つけたヤーコンは、せっかく捕まえたプラズマ団をゲーチスに引き渡してしまったことを謝ります。
そしてジムの最深部で待っていると言って、ジムの中へ戻っていきます。
主人公は、ジムにあるリフトのギミックを乗りこなしながら、ヤーコンのいる最深部へたどり着きます。
ヤーコンに勝負を挑み、勝利した主人公はクエイクバッジを手にします。
バッジを手にした主人公にヤーコンは、6番道路の先にある洞穴の前で待つよう言います。
主人公はヤーコンの言葉に従って6番道路に向かおうとしますが、ベルに呼び止められ勝負を受けます。
ベルに勝利した主人公は、ベルからひでんマシン：そらをとぶをもらいます。
いつでも帰ってこれるようにパパからもらったとベルは話し、チェレンにもひでんマシンを渡そうとホドモエシティへ戻っていきます。
6番道路を通り過ぎた主人公は、電気石の洞穴に到達します。洞穴入口にはデンチュラによるクモの巣が張り巡らされており、中には入れません。
そこにヤーコンがやってきて、手持ちのワルビルに巣を壊させます。そして主人公に応援の言葉を伝えると、元来た道へ去っていきます。
洞穴に入った主人公ですが、プラズマ団のダークトリニティに捕らえられ、Nの元へと連れていかれます。
Nは、ゲーチスが主人公に注目していて、プラズマ団を使って試そうとしていることを主人公に話します。話し終えると、Nはすぐさま洞穴の奥へと立ち去ります。
主人公も洞穴の奥へ進んでいくと、数人のプラズマ団員に勝負を挑まれます。プラズマ団員を次々と突破し、主人公が洞穴の出口まで来たところで、再びNに遭遇します。
Nは「ポケモンと人間を区分し、白黒はっきり分ける。そうしてこそ、ポケモンは完全な存在になれる。それこそがボクの叶えるべき夢だ。」と独り言のように話し、主人公に勝負を挑みます。
そして主人公に敗れたNは、これでは伝説のポケモンとはトモダチになれないと自分を責め、洞穴を出ていきます。
伝説のストーンを探すプラズマ団 6つ目
Nが出ていった出口から主人公も出ると、フキヨセシティに到着します。するとアララギと名乗る男性から声をかけられ、主人公の図鑑を確認されます。
男性は、アララギ博士は自分の娘だと言い、主人公の図鑑に色々な機能を追加します。
そして後ろにはフキヨセシティのジムリーダー・フウロがいて、主人公に挨拶します。
ジムにぜひ挑戦してほしいと主人公に言うフウロですが、タワーオブヘブンに弱っているポケモンがいるかもしれないから、確認がしたいと話します。
塔にも来てほしいことを主人公に言うと、フウロはタワーオブヘブンに向かいます。主人公もフウロを追いかけるように、7番道路を駆け抜けてタワーオブヘブンへと向かいます。
塔に到着した主人公は中に入ると、たくさんの墓が見つかります。タワーオブヘブンはポケモンたちの魂が眠る場所で、頂上にある鐘を鳴らすことで眠っている魂が喜ぶと言われています。
頂上まで登った主人公は、フウロを見つけます。
フウロは主人公が来てくれたことに感謝し、弱っているポケモンにげんきのかたまりを使ったら、元気になって飛んで行ったと嬉しそうに話します。
頂上まで来た主人公に、鐘を鳴らしていったらどうかとフウロが提案します。応じた主人公が鐘を鳴らすと、辺りに鐘の音が鳴り響きます。
鐘の音が鳴り止むとフウロが改めて自己紹介をし、ジムにぜひ来てねと主人公に言って、塔を立ち去ります。
フウロのいるジムに向かった主人公は、ジムにいるトレーナーたちを倒し、最後はフウロに挑みます。
そしてフウロに勝利した主人公は、ジェットバッジを手にします。
主人公がジムを出ると、Nがすぐ近くで待ち構えており、主人公に話しかけます。
そしてポケモンと会話ができるNは主人公の手持ちのポケモンに、主人公はどんなトレーナーなのか尋ねます。
主人公を信頼しているポケモンを見たNは、「全ての人とポケモンが主人公たちのように向き合っているなら、ポケモンを解放させることなくポケモンと人の行く末を見守ることができるのに。」と話します。
そしてゲーチスが今、ライトストーンとダークストーンを探しているという情報を、主人公に伝えます。
伝説のポケモンは肉体が滅ぶとストーンとなって眠りながら、英雄の誕生を待つという性質があります。
Nはそのストーンで伝説のポケモンを蘇らせてトモダチになり、自分が英雄であることを世界に認めさせて人々を従わせる、と話します。
力を使わずに世界を変えることをNは望みますが、それは叶わないと悟っています。結果、主人公たちのように互いを信頼し合う関係をも引き裂いてしまうことに、少しだけ胸が痛むと言って、Nは去っていきます。
レシラム（ゼクロム）の復活 7つ目
スカイバッジを手にした主人公は、次のバッジを求めてセッカシティへと向かいます。
セッカシティに辿り着くためにネジ山を通り抜けようとしますが、チェレンに呼び止められて勝負を仕掛けられます。
そして主人公に負けたチェレンは強さとは何なのか悩みます。
すると2人が戦っている様子を見ていたアデクは、良い勝負だったと言って、2人を褒め称えます。
強くなってどうするのかとアデクが尋ねると、チャンピオンになることで生きている証が欲しいとチェレンは答えます。
チェレンの答えを聞いたアデクは、チェレンの考え方はレンブに似ていると言って、ひでんマシン・なみのりを主人公たちに渡します。
そしてともに歩むポケモンが何を望むかを忘れるな、と言って去っていきます。
アデクのアドバイスに、何をしたいかわからないから強くなってみんなに認めてもらうんだとチェレンは反発します。
そして次こそは勝つと主人公に告げると、チェレンはネジ山を登っていきます。
主人公もネジ山を登っていき、出口に辿り着くと、プラズマ団の一人を倒すチェレンの姿があります。
力ずくでポケモンを奪うプラズマ団のやり方は間違っていると、チェレンがプラズマ団に言います。
すると、仲間のプラズマ団員が現れ、例のモノが見つかったから我々も塔に向かうぞと団員に呼びかけて、退散します。
チェレンは主人公に、考える時間が欲しいと言って、アデクの言葉を思い返します。強くなって何がしたいのか、誰のために強くなりたいのか、チェレンは自分に問いかけます。
主人公がネジ山を出ると、アララギ博士のお父さんと再び出会います。そしてお父さんから、リュウラセンの塔についての説明を受けます。
リュウラセンの塔とはイッシュ地方で最も古い建造物と言われており、伝説のポケモンが生まれた場所、あるいは眠る場所と伝えられているとのこと。
説明を終えたお父さんは、リュウラセンの塔へと向かいます。
主人公はセッカシティに辿り着いて、この町のジムを訪ねます。そしてジムリーダー・ハチクに勝利し、アイシクルバッジを手にします。
バッジを手に入れた主人公がジムを出ると、すぐそこにチェレンとベルがいます。
久しぶりに3人が揃ってそれぞれの思いを話している時に、ハチクがジムから出てきて「誰だ？」と言います。
するとダークトリニティが突如現れ、「リュウラセンの塔に来い。そこでN様が待っている。」と主人公たちに伝言を伝えます。
ダークトリニティが姿を消すと、真っ先にハチクとチェレンはリュウラセンの塔へ向かいます。主人公とベルも、2人を追うように塔へ向かいます。
主人公とベルが塔の入口に辿り着くと、アララギ博士のお父さんがいます。大挙したプラズマ団が塔の壁を突き破って中に入っていったと、主人公たちに話します。
そしてまだリュウラセンの塔について知らないベルのために、改めて塔のことをお父さんが説明します。
「リュウラセンの塔は、イッシュの国ができる前の太古の昔からそびえ立ち、塔の最上階では伝説のドラゴンポケモンが理想を追求する人間が現れるのを待っている…。そう伝わっておる。」
お父さんの説明を聞いた主人公は塔へ向かい、自分はあまり強くないと思っているベルはお父さんのボディーガードをします。
主人公が塔に入ると、多くのプラズマ団が待ち受けています。先に塔に来ていたハチクとチェレンが団員たちの相手をして、主人公が先に塔を登っていくと、大きな鳴き声が聞こえます。
そして最上階に着いた主人公の前に、レシラム（ブラックだとゼクロム）を従えたNがいます。
Nは「レシラムと共にポケモンリーグに向かい、チャンピオンを超える！ポケモンだけの世界が……ようやく実現する。」と主人公に話します。
そして「ボクたちを止めるなら、キミも英雄になればいい！レシラムと対をなすゼクロムに認められてこそ、対等になれる。ゼクロムはダークストーンの状態で、キミを待っている。」と言うと、Nはレシラムの背中に乗って飛び去っていきます。
伝説のドラゴンポケモンに乗って飛び立つNを見たハチクたちは、今後どうするのか塔の前に戻って話し合います。
そこにアデクがやってきて、ゼクロムを復活させるストーンを探すために古代の城へ向かおうと言います。
緊迫した状況の中、チェレンは「こんな時、ポケモンのため、誰かのために何かできるのが強さなんだ。」と悟り、アデクと共に古代の城へ向かいます。
主人公も2人を追いかけ、古代の城へと向かいます。
伝説のドラゴンポケモンの伝承 8つ目
古代の城へ着いた主人公は城の中を探索します。城の奥へ進んでいくとプラズマ団の七賢人の一人がいます。
ゲーチスから主人公の力量を試すよう言われ、我々を倒せるなら倒してみよと言って、七賢人は主人公に団員たちをけしかけます。
次々と団員たちを破る主人公は最深部へと進みます。するとそこにはアデクとゲーチスがいます。そして後からチェレンがやってきます。
ダークストーンはここにはないことを伝えるゲーチスは主人公に、「あなたは我らの王に選ばれました。もう1匹の伝説のドラゴンポケモンを従え、我らの王と戦いなさい。」と言います。
プラズマ団の行いを否定するアデクに、Nがチャンピオンより強いことを示して、すべてのトレーナーにポケモンを解き放つよう号令を発布する、とゲーチスは言い返します。
そして王にふさわしい城も用意してある、人々が絶望する瞬間を見るのが大好きだと話し、アデクの絶望する顔が見たくてここに残っていたことを暗に言うと、ゲーチスは立ち去ります。
これからどうするのか聞くチェレンにアデクは、ポケモンリーグに戻ってNと戦うしかないと答えます。
3人が城の外へ出ると、主人公のライブキャスターが鳴ります。
主人公が出るとアララギ博士から、今すぐシッポウシティの博物館へ来るよう言われます。
博士の声が大きかったため、アデクとチェレンにも聞こえ、アデクは先にシッポウシティへそらをとぶで向かいます。チェレンは城の中をもう一度探すと言って、古代の城へ戻ります。
主人公もシッポウシティへ向かい、博物館へ辿り着きます。博物館の前にはアデク、アララギ博士とアララギパパ、そしてベルがいます。
博物館からジムリーダー・アロエが出てくると、ダークストーンをみんなに見せます。
アロエはダークストーンのことを最初はただの古い石だと思っていましたが、博士の調査によってゼクロムの復活するストーンだと判明します。
以前、プラズマ団が博物館に押し寄せた時に、ダークストーンに気づかれなくて良かったですねと話すベルに、アロエは同意します。
そしてプラズマ団があの時、ドラゴンのホネを奪おうとしたのは、伝説のポケモンを復活させるつもりだったことをアロエは悟ります。
主人公はアロエからダークストーンを受け取り、レシラムを復活させるための方法を知るべくソウリュウシティへと向かいます。
アデクも一足先にソウリュウシティに向かうため、手持ちのポケモンに乗って飛び立ちます。
主人公もソウリュウシティへ向かうため、セッカシティとソウリュウシティをつなぐシリンダーブリッジを渡ります。しかし、突然現れたダークトリニティに捕らえられます。
ダークトリニティは、主人公をゲーチスの前まで連れていきます。そしてゲーチスが「N様は伝説のポケモンを従えた者同士で闘い、自分が本物の英雄か確かめたい。」とNの考えを主人公に伝えます。
ゲーチスが、プラズマ団の野望であるポケモンの解放について主人公に述べると、シリンダーブリッジの奥へと消えていきます。
主人公はシリンダーブリッジを渡り、9番道路を通り抜けるとソウリュウシティに到着します。
すでに到着していたアデクが主人公を、ゲーチスが演説している場所まで連れていき、一緒に演説を聞きます。
Nが伝説のポケモンと力を合わせ、理想の国を作ろうとしている。我々人間の支配からポケモンを解放しましょうとゲーチスが言い終えると、ポケモンリーグの方向へと立ち去っていきます。
演説を聞いた町の人たちは、今後どうすべきべきなのか揺れ動きます。
演説を聞いていたアイリスは今の話はおかしいと言い、ポケモンが人との関係を望まぬというのであれば、ポケモン自ら我々の元へ去る、とシャガは言います。
アデクは主人公を連れてアイリス、シャガと合流します。アデクは2人に、伝説のドラゴンポケモンのことについて尋ね、2人に主人公の事を任せます。
「ポケモンリーグに戻ってNに勝つ。ソウリュウのジムバッジを手に入れてリーグに来い。」とアデクが主人公に言うと、その場を立ち去ります。
アイリスは主人公をシャガの家まで案内し、シャガとアイリスは伝説のドラゴンポケモンについて知っていることを、主人公に話します。
レシラムとゼクロムはもともと1匹のポケモンで、双子の英雄と共に新しい国を作り、幸せな日々を過ごしていました。
しかしある日、真実を求める兄と理想を求める弟とで考えが割れ、どちらが正しいか決めるための争いが始まります。
双子と共に歩んできたドラゴンは体を2つに分かち、それぞれの味方をします。
理想を求め、新たなる希望の世界へ導く黒きドラゴン、ゼクロム。真実を求め、新たなる善の世界へ導く白きドラゴン、レシラム。
2匹はもともと同一の存在であるため、争いが激しくなってもどちらが勝つことなく、疲れ果てていきます。
双子の英雄も争いはどちらかだけが正しいのではない、と言って争いは収まります。
しかし英雄の息子たちが再び争いを始めてしまったため、ゼクロムとレシラムは稲妻と炎でイッシュを滅ぼし、姿を消します。
伝説のドラゴンポケモンについて知っているのは伝承のみで、ストーンから復活させる方法はわからないと言って、シャガは主人公に謝ります。
そしてジムの挑戦を待っているとアイリス（ブラックだとシャガ）が言うと、アイリスはジムへと向かっていきます。
主人公もジムへと向かい、ジムリーダー・アイリスに挑戦します。アイリスに勝利した主人公は、レジェンドバッジを手にします。
バッジをすべて集めた主人公は、いよいよチャンピオンロードを渡って、ポケモンリーグへと進みます。
プラズマ団の城で最終決戦 ポケモンリーグ
バッジのチェックをするゲートをくぐり抜けた主人公は、チャンピオンロードを通ります。道中、出会う強力なトレーナーたちを倒した主人公は、頂上にあるポケモンリーグへ到着します。
そして主人公は、ポケモンリーグへと足を踏み入れます。待ち構える四天王シキミ、ギーマ、カトレア、レンブとの激戦の末、主人公は勝利します。
四天王を突破した主人公は、チャンピオン・アデクのいる宮殿へと向かいます。
主人公が宮殿に辿り着いて中へ入ると、Nとアデクがいます。ちょうど2人の戦いは終わり、Nが勝利して「もうポケモンを傷つけることも、縛ることもない。」と言います。
ダークストーンを持つ主人公を見たNは、伝説のドラゴンたちに相応しい場所はここではないと言って、プラズマ団の城を召喚します。
城はポケモンリーグを囲むように地表から湧き出ると、Nは主人公に城で決着をつけようと言って、城へと進んでいきます。
主人公も城の中へと入りますが、七賢人たちが待ち構えています。Nに何かあっては計画が台無しと言う七賢人たちは、主人公を始末しようとします。
しかし城へやってきたジムリーダーたちが、それを阻止します。ジムリーダー・ハチクは主人公に先へ進むよう促し、主人公は上の階へと進んでいきます。
上の階へ上がると部屋がいくつかあり、部屋の中には愛の女神、平和の女神と名乗る女性がいます。そして2人は主人公に、Nの過去について話します。
Nは幼い頃から人と離れ、ポケモンと暮らしていました。ゲーチスは人間に虐げられたポケモンばかりをNに近づけ、Nはポケモンのことだけを考えて理想を求めるようになったと話します。
女神たちの話を聞き終えた主人公は、さらに上の階へと進むとダークトリニティが現れます。ダークトリニティは、Nが今まで暮らしていた部屋のことを主人公に教えます。
主人公がNの部屋に入ると、おもちゃの電車や飛行機、ダーツなど遊具でいっぱいの景色を目の当たりにします。
部屋の中には誰もいませんが、最近までおもちゃをさわっていた形跡があります。またバスケットボールにはハルモニアと名前が書かれています。
Nの部屋を出た主人公は、城の最上階まで進みます。最上階に着くと、ゲーチスが現れます。
ゲーチスは「自分にも英雄の資質があるのか、Nと戦って確かめなさい。」と言って、主人公を謁見の間へ通します。
謁見の間の奥まで主人公が進むと、玉座に座るNの姿があります。Nは主人公に決着をつけようと言って、主人公の前まで歩いてきます。
Nがレシラムを呼び寄せると、主人公のバッグの中でダークスト―ンが反応し、ゼクロムが復活します。
復活したゼクロムは主人公と戦い、主人公の仲間になります。そしてゼクロムを従えた主人公に、Nは絶対勝つと言って最後の戦いを挑みます。
レシラムとゼクロムが繰り広げる激戦の末、Nは主人公に敗れます。敗北したNの元にやってきたゲーチスは、ふがいない息子めと言ってNを罵ります。
ゲーチスは、伝説のポケモンに選ばれた主人公を計算外と言い、Nが敗れても計画は変わらないと話します。
チェレンとアデクが主人公の元へかけつけると、ゲーチスは本当の計画について語ります。
ゲーチスの望みはポケモンの解放ではなく、自分だけがポケモンを使って世界を支配すること。そのためにプラズマ団を作り、Nを王に祀り上げました。
自分の計画を邪魔されたゲーチスは、主人公の絶望する顔が見たいと言って、主人公に勝負を挑みます。
そしてゲーチスは主人公に敗れます。敗北を受け入れられないゲーチスを、アデクとチェレンが連れていきます。
謁見の間には主人公とNだけが残り、Nは主人公に話したいことがあると言って、謁見の間の奥へと進みます。
主人公とポケモンが互いを信頼し、旅の途中で出会った人たちも心を通い合わせ助け合うポケモンと人ばかりで、自分の気持ちは揺らいでいったと話します。
今まで自分が信じていたものが何だったのかを確かめるため、主人公と闘った。と言うと、Nはレシラムをボールから出します。
Nは「キミは夢があると言った…。その夢…叶えろ！素晴らしい夢を実現し、キミの真実とするんだ！キミならできる！！」と主人公に激励の言葉を贈り、サヨナラと言います。
エンディングが流れてストーリーは完結し、最後にNはレシラムに乗って、どこかへと飛んでいきます。